O deputado foi denunciado ao Supremo em 2012 sob a acusação de crime contra o Sistema Financeiro Nacional, consistente no desvio de recursos concedidos por instituição financeira, em concurso material com crimes de lavagem de dinheiro.
Os crimes ocorreram entre dezembro de 2007 e abril de 2008. o deputado e outros comparsas atuaram em nome da Prefeitura de Praia Grande e das Lojas Marisa S/A para obter dois financiamentos junto ao BNDES. Pelo lobby, o Paulinho conseguiu liberar 124 milhões de reais à prefeitura e 165 milhões de reais à rede de lojas. Em troca, levou uma parte do dinheiro, o que configurou crime previsto na Lei do Colarinho Branco.
“Elementos de prova colhidos nos autos da investigação revelaram indícios de que o Deputado Federal Paulo Pereira da Silva participava das ações do grupo consistentes no desvio dos recursos do BNDES e se beneficiava da partilha da ‘comissão’ cobrada aos beneficiários dos financiamentos”, diz um dos trechos do processo no Supremo.