Como os agentes penitenciários não estavam conseguindo deter os presos, a Polícia Militar foi chamada. O coronel Ubiratan Guimarães foi quem comandou a operação. Mais de 300 policiais invadiram o Pavilhão 9 com armas de diversos tipos e cães. Depois que o coronel foi ferido em uma pequena explosão, o capitão Wilton Brandão Filho foi quem assumiu o comando.

Muitos presos foram mortos durante a invasão, os sobreviventes foram retirados de suas celas nus e descalços e levados para o pátio, onde foram agredidos. Outros presos tiveram que carregar os corpos até o 1° andar, onde foram empilhados, modificando o cenário do episódio, o que dificultou a perícia.

No dia do massacre, véspera das eleições municipais, a polícia informou que 8 presos tinham sido mortos. Este foi um dos motivos da contreversia a respeito do episódio. No dia seguinte, meia hora antes do fim das eleições municipais, o secretário de Segurança Pública do Estado Pedro Franco de Campos informou que 111 pessoas morreram no massacre. Ex-detentos dizem que foram mais de 200. Nenhum policial foi morto.

O coronel Ubiratan foi condenado a 632 anos de prisão em 2001, mas foi absolvido, em 2006, pelo órgão especial do Tribunal de Justiça do Estado de São Paulo, que entendeu que o policial agiu no “estrito cumprimento do dever legal”. Meses depois, ele foi assassinado em sua casa.

Fontes:
Superinteressante-Como foi o massacre do Carandiru?
Uol Notícias-Após ser condenado a 623 anos por massacre, coronel Ubiratan foi absolvido e assassinado em 2006
Folha Online-Saiba como foi o massacre do Carandiru